Ban Điều hành gồm Tổng Giám đốc có trách nhiệm điều hành chung và các Phó Tổng Giám đốc trợ giúp cho Tổng Giám đốc. Ban Điều hành có chức năng trực tiếp điều hành mọi hoạt động Ngân hàng cũng như cụ thể hóa chiến lược tổng thể và các mục tiêu do Hội đồng Quản trị đề ra bằng các kế hoạch kinh doanh, tham mưu cho Hội đồng Quản trị về các vấn đề về chiến lược, chính sách.

Ban Kiểm soát có vai trò kiểm tra, giám sát tình hình hoạt động của các đơn vị thuộc hệ thống Ngân hàng về khả năng tuân thủ pháp luật, các quy định pháp lý của ngành Ngân hàng và các quy chế, thể lệ, quy trình nghiệp vụ của Nam A Bank. Qua đó, đánh giá chất lượng điều hành và hoạt động của từng Đơn vị, tham mưu cho Ban Điều hành cũng như đề xuất khắc phục yếu kém, đề phòng rủi ro nếu có.

Thành lập từ ngày 23/04/2003, hiện nay có 7 thành viên. Hội đồng này là cơ quan cấp cao nhất về quản lý hoạt động tín dụng, thực hiện xét duyệt cho vay và bảo lãnh đối với các món tiền vượt quá 5% vốn điều lệ. Xét duyệt các phương án đầu tư hợp tác, góp vốn liên doanh với các đơn vị khác. Kiểm tra, đôn đốc, xem xét, xử lý việc thu hồi vốn và nợ quá hạn.

Thành lập từ ngày 06/06/2003, hiện nay có 6 thành viên. Tham vấn cho Tổng Giám Đốc trong việc xử lý kỷ luật cán bộ nhân viên vi phạm kỷ luật trong hệ thống Ngân hàng Nam Á. Nhiệm vụ chính là tiếp nhận hồ sơ cán bộ nhân viên vi phạm kỷ luật từ các đơn vị gửi về; tiến hành thu thập thông tin, xem xét, đánh giá mức độ vi phạm kỷ luật của nhân viên vi phạm và kiến nghị hình thức xử lý kỷ luật. Tham gia giải quyết các khiếu nại, tố cáo có liên quan đến các hành vi vi phạm kỷ luật của cán bộ nhân viên.

Thành lập từ ngày 06/06/2003, hiện nay có 6 thành viên. Thực hiện dự thảo quy chế hoạt động Hội đồng Nhân sự và Tiền lương của Ngân hàng TMCP Nam Á trình Chủ tịch HĐQT ban hành.

Thành lập từ ngày 12/06/2003, Hội đồng Quản lý tài sản hiện nay có 8 thành viên, thực hiện công tác tham vấn, đề xuất ý kiến cho Hội đồng Quản trị, Tổng Giám Đốc trong việc tổ chức quản lý, sử dụng, mua bán có hiệu quả các tài sản của Nam A Bank, tài sản xử lý nợ hoặc các tài sản liên quan khác trong hệ thống Ngân hàng.

Thành lập từ ngày 09/07/2003, hiện nay có 6 thành viên. Xem xét việc phân loại tài sản "có" trích lập dự phòng rủi ro của quý hiện hành do Tổng Giám Đốc thực hiện. Xem xét báo cáo tình hình theo dõi sao kê và thực hiện thu hồi nợ đối với những rủi ro đã được xử lý. Quyết định xử lý rủi ro và phương án thu hồi nợ; đồng thời xuất trình HĐQT sử dụng dự phòng để xử lý các khoản nợ vay không khả năng thu hồi.

Thành lập từ ngày 15/08/2003, hiện nay có 5 thành viên. Thực hiện công tác giám sát, theo dõi, kiểm tra, kiểm toán nguồn vốn, sử dụng vốn và kết quả hoạt động kinh doanh. Thu thập số liệu để báo cáo và tham vấn, đề xuất ý kiến cho HĐQT trong việc quyết định kế hoạch chi tiêu, mua sắm tài sản phục vụ hoạt động kinh doanh.